尽管SAAS模式下建设财务管理信息化系统具有明显的优势，面临着良好的发展机遇，但是我国SAAS的应用还不成熟，主要存在以下问题：

(一)网络安全问题

对于企业来说，数据的安全性至关重要，尤其是财务数据和客户信息，这些数据是一个企业的核心机密。基于网络的SAAS模式在网络遭遇黑客攻击、病毒侵害等网络安全问题时，系统瘫痪、数据丢失等都是无法避免的，即使有数据备份或者丢失的财务数据可以恢复。丢失的财务数据给企业带来的损失也将会非常严重。

(二)对SAAS提供商的信任度问题

基于SAAS的在线管理服务层出不穷，如在线会计，在线进、销、存，在线客户关系管理，在线“储钱罐”等。企业在使用一种在线管理服务后，若发现有更适合该企业的在线管理服务，要转向另一家SAAS提供商提供的在线管理服务，企业财务数据的安全性就会受到影响，因为企业的财务数据存放在前面一家SAAS提供商的服务器上。

(三)服务器运算能力问题

SAAS模式下，企业只需每年缴纳一定的租赁使用费就可满足自身信息化的需求，而且使用的人越多，均摊的成本越低。而SAAS模式主要是面向中小企业，而我闻中小企业数目众多，且期初期未是各个企业财务处理的高峰时期，因此，在期初期末中小企业用户数增多时，SAAS提供商服务器的运算能力会出现瓶颈，网络的运行速度也会受影响，从而影响企业财务处理的时效性。

(四)与企业原各子系统的集成问题

企业信息化系统涉及生产、销售、客户关系管理、人力资源等许多方面的管理。这些管理子系统往往是根据企业的实际情况开发实施的，基于SAAS模式的财务管理信息系统能否与市场现有技术、企业现有子系统和数据库之间实现无缝集成是个问题。